מכבי הרצליה הוקמה בשנת 1932. בין שחקניה הראשונים היו אריה מכנס, אביהם של האחים מכנס שהיו כוכבי מכבי נתניה; זכריה ניצן, שגם בנו אורי ניצן כיכב בשנות ה-60 בקבוצה ובהמשך במכבי פתח תקווה; וטוביה צ׳סלר. המשימה לבנות קבוצה חדשה זו הופקדה על רפאל ימין (פרג'י), שחקנה של הפועל הרצליה לשעבר. הוא הזמין לבחינות צעירים משכונותיה של הרצליה ומהמפעלים בעיר, ומתוכם הרכיב את הקבוצה החדשה והחובבנית. בתחילת דרכה, שיחקה הקבוצה במסגרת ליגה ב', הליגה הנמוכה ביותר באותם ימים, ואירחה את משחקיה הביתיים במגרש החול העירוני ברחוב הס.

מכבי והפועל הרצליה שיחקו במשך תקופה ארוכה באותה הליגה. באותם זמנים הכדורגל המקומי היה עיסוק פנאי מרכזי בעיר, ואוהדים רבים היו פוקדים את המגרש הישן ברחוב הס בעיר. האווירה בין האוהדים באותה תקופה הייתה לוהטת ולוותה לא פעם בתיגרות אלימות.

שנות ה-70'

עד תחילת שנות ה-70 הקבוצה המובילה בעיר הייתה הפועל הרצליה. התפנית ביחסי הכוחות לטובת מכבי החלה עם עלייתו של ניסים כהן ממחלקת הנוער בגיל 16 והצטרפותו לקבוצת הבוגרים. ניסים בכר הוחתם לתפקיד מאמן-שחקן ושחקני רכש רבים הצטרפו למועדון, בנוסף לשחקני בית כגון ויקטור מסיקה, שלמה מסיקה, נינו חדד, ערן קוליק ואחרים. עם השינוי, גם קבוצת הנוער של המועדון השתדרגה וילדים מרחבי העיר ואף מחוץ לה (בעיקר מרמת השרון) הצטרפו למחלקות הצעירות של המועדון. בין הבולטים שבהם היו: רוני גאון, איתן קונסט, רחמים עמרן והשוער אריה אלטר (כל אלו עלו לאחר מכן אל קבוצת הבוגרים). כעבור זמן לא רב עלתה הקבוצה לליגת המשנה של אותם הימים, הליגה הארצית. לאחר מכן עברה על הקבוצה תקופת הידרדרות והיא ירדה עד לליגה הרביעית (ליגה ב'), בעקבות מכירה סיטונאית של שחקני הבית: ניסים כהן נרכש על ידי מכבי פתח תקווה בסכום שיא לאותם הימים - 1,000,000 לירות - ואחריו נמכרו רוני גאון ואיתן קונסט למכבי יפו, רמי עמרן לבית"ר תל אביב ואריה אלטר למכבי נתניה (קבוצות אלו שיחקו אז בליגה הראשונה, הליגה הלאומית).

שנות ה-80' וההעפלה לליגה הראשונה בשנות ה-90'

עם בחירתו של אלי לנדאו לראשות העיר הרצליה בשנת 1983 ופריסת חסותו על הקבוצה, חל השינוי הגדול בתולדות המועדון. בסיום עונת 1990/91 הקבוצה עלתה מליגה א' לליגה הארצית, ובסיום עונת 1992/93 עלתה לליגה הלאומית, אז הליגה הראשונה, שם שהתה 7 שנים רצופות (בין 1993-2000). היו אלו ימי השיא של הקבוצה שתקעה יתד בליגה העליונה. עם פרישתו של לנדאו מתפקיד ראש העיר והורדה חדה בגודל התקציבים לקבוצה לפי החלטת ראש העיר החדשה יעל גרמן, הרים את הכפפה מאמן השוערים באותו זמן, אריאל שיימן. הקיצוץ התקציבי החד מצד העירייה נתן את אותותיו והורגש בפועל. בעונת 1998/99 עוד הציגה הקבוצה עונה טובה תחת המאמן שייע פייגנבוים ובכיכובו של קשר נבחרת אוקראינה לשעבר אולג נדודה, אך עונת 1999/2000 כבר הייתה שונה. פייגנבוים, שפתח את העונה בתור מאמן, הביא לקבוצה שחקנים יקרים יחסית, כמו אישטוון שאלוי, אלי דריקס ואיציק זוהר. אולם הרכש הנוצץ לא התחבר, והקבוצה נקלעה כבר עם פתיחת העונה לקרבות התחתית. פייגנבוים פוטר, זוהר עזב, ודריקס פרש מכדורגל באמצע העונה. בסוף העונה מונה דריקס למאמן חירום בקבוצה, שהפסידה במחזור האחרון 4-2 למכבי חיפה, ונשרה לליגה השנייה. שיימן התמיד והתעקש ובעקביות הרים את הקבוצה, ואף תבע את העירייה עקב קשיים רבים שהערימה עליו

הליגה השנייה בין השנים 2000-2006

מכבי הרצליה כשלה בהעפלה לליגת העל בסיום עונת 2000/2001. בעונה שלאחר מכן היה נראה, כי הקבוצה בדרכה הבטוחה לליגת העל, כאשר חלוץ הקבוצה ליאור אסולין הבקיע מספר רב של שערים, והקבוצה ניצבה במרבית העונה במקומות הראשונים. אולם, הפסד 3-2 להפועל רמת גן במחזור הסיום מנע ממכבי הרצליה את ההעפלה לליגת העל, והקבוצה סיימה במקום השלישי. ההישג הבולט ביותר של הקבוצה בימיה בליגה השנייה היה סגנות גביע המדינה ב-2005, כאשר הפסידה בגמר למכבי תל אביב בבעיטות הכרעה לאחר הארכה. בסיום עונת 2005/2006, לאחר שש עונות בליגה השנייה, הקבוצה הצליחה לעלות שוב לליגה הראשונה.

הליגה הראשונה בין 2006-2008

לפני חזרתה לליגה הראשונה התאמנה הקבוצה תחת הדרכתו של המאמן פרדי דוד. כחודש לפני פתיחת עונת 2006/07 התפטר דוד כיוון שלטענתו, יו"ר הקבוצה אריאל שיימן התערב בעניינים המקצועיים. במקומו מונה שחקן העבר ראובן עטר. לאחר 7 מחזורים בלבד פוטר עטר, ואל תפקיד המאמן חזר פרדי דוד. באותה עונה זכתה הרצליה בתואר הראשון והיחיד בתולדותיה, גביע הטוטו, לאחר ניצחון 1-2 בהארכה מול הפועל כפר סבא, משער של עומר בוקסנבוים בדקה ה-116.

בסיום עונת 2007/2008 שבה מכבי הרצליה לליגת המשנה, לאחר שסיימה במקום האחרון בליגת העל, בהפרש של 7 נקודות מהקו האדום.

הליגה השנייה החל מעונת 2008/09

לאחר ירידת הליגה החליט פרדי דוד, שלא לחדש את חוזהו עם מכבי הרצליה, זאת למרות רצונו של אריאל שיימן, בעלי הקבוצה, שחפץ בשירותיו. לבסוף דוד חתם בבני סכנין, ואייל לחמן חתם במועדון. אולם, לאחר 8 מחזורים בלבד בעונת 2008/2009 דוד פוטר מסכנין, ולחמן הובא אליה במקומו. לתפקיד המאמן בהרצליה מונה שמעון הדרי, שפוטר כמה מחזורים קודם לכן ממכבי אחי נצרת. גם הדרי לא האריך ימים בעמדת מאמן הקבוצה, והוא התפטר לאחר 4 הפסדים ב-4 משחקים. רמי לוי החליף אותו עד סוף העונה, בה הקבוצה סיימה במקום השביעי בטבלה עם 38 נקודות.

בעונת 2009/2010 אימן את הקבוצה סלובדן דראפיץ', והקבוצה סיימה את העונה במקום העשירי (פלייאוף אמצעי) עם 22 נקודות (לאחר קיזוז).

בעונת 2010/2011 אימן את הקבוצה משה סיני. הקבוצה סיימה את העונה במקום הרביעי בטבלה (פלייאוף עליון) עם 35 נקודות (לאחר קיזוז).

בעונת 2011/2012 אימן את הקבוצה עופר טלקר, שאימן בעונות הקודמות את קבוצת הנוער של המועדון והעפיל עימה לליגה הראשונה. בעונה זו הקבוצה הצליחה להעפיל עד לרבע גמר גביע המדינה, אך שם הפסידה 1-0 הפועל רמת השרון (משער בתוספת הזמן). את העונה סיימה הקבוצה במקום השלישי בליגה, ולא הצליחה להעפיל לליגת העל.

לאחר פתיחה חלשה של עונת 2012/2013 עזב טלקר את הקבוצה, וניסן יחזקאל מונה למאמן. לאחר סיום העונה, שאותה סיימה הקבוצה במקום השביעי בליגה, הוחלף יחזקאל בתומר קשטן. לאחר המחזור ה-21 של עונת 2013/2014 הוחלף קשטן בפרדי דוד, ששב לקדנציה רביעית במועדון. את עונת משחקים זו סיימה הקבוצה במקום העשירי בטבלה.

בסיום עונת 2014/2015 אותה סיימה הקבוצה במקום ה-13 בטבלה, עזב פרדי דוד את תפקידו כמאמן הקבוצה והוחלף בחיים שאבו, לאחר הדרדרות במיקום שב עופר טלקר לקדנציה שנייה בקבוצה והתפטר לאחר משחק אחד בלבד. מאמן קבוצת הנוער שרון חיטמן הדריך את הקבוצה עד לסיום העונה אותה סיימה הקבוצה במקום החמישי בטבלה.

ב-26 במאי 2016 מונה פטריסיו סייג למאמן הקבוצה.